2026년 1월 연말정산 시즌이 시작되면서 간소화서비스를 열어본 분들 중 병원비가 실제 지출액보다 적게 나왔다면 당황스러울 겁니다. 특히 동네 병원이나 소규모 의원은 국세청에 자료를 제출하지 않는 경우가 많습니다.
하지만 걱정하지 마세요. 2026년 1월 15일부터 17일까지 단 3일간 의료비 신고센터를 통해 누락된 병원비도 충분히 공제받을 수 있습니다.
1. 병원비 누락되는 이유
2026년 1월 간소화서비스에서 병원비가 나타나지 않는 이유는 명확합니다.
의료기관이 국세청에 자료를 제출하지 않았거나, 인력 부족으로 시스템이 갖춰지지 않은 경우입니다. 특히 작은 동네 의원이나 재가 장기요양기관은 자료 제출률이 낮아 누락이 잦습니다.
또한 본인이 개인정보 제공을 거부했거나, 실손보험금으로 보전받은 금액이 있다면 조회되지 않을 수 있습니다.
현금으로 결제한 보청기나 장애인 보장구 구입비, 시력교정용 안경도 자동으로 조회되지 않는 대표적인 항목입니다.
폐업한 병원이나 의원에서 지출한 의료비는 간소화서비스에 뜨지 않으므로 미리 영수증을 챙겨두는 게 중요합니다.
2. 신고센터 이용 방법
가장 빠른 해결책은 홈택스의 조회되지 않는 의료비 신고센터를 이용하는 것입니다.
신고 기간은 2026년 1월 15일부터 17일까지 단 3일간입니다. 이 기간을 놓치면 직접 영수증을 발급받아야 하므로 꼭 기억해야 합니다.
홈택스에 접속한 후 연말정산 간소화 메뉴에서 의료비 신고센터를 선택합니다.
환자 이름, 주민등록번호, 병원 사업자번호, 지출 금액 등을 정확히 입력하면 됩니다. 국세청이 해당 의료기관에 자료 제출을 안내하고, 의료기관이 1월 18일까지 전산 제출하면 1월 20일 이후 조회 가능합니다.
단, 허위 신고 시 가산세가 부과되므로 반드시 정확한 정보만 입력해야 합니다. 국세청은 사후에 해당 병의원과 약국을 통해 신고 내용의 사실 여부를 확인합니다.
| 신고 기간 | 2026년 1월 15일 ~ 1월 17일 |
| 의료기관 제출 마감 | 2026년 1월 18일까지 |
| 최종 조회 가능일 | 2026년 1월 20일 이후 |
3. 영수증 직접 제출
신고센터에 신고했는데도 조회되지 않는다면 어떻게 해야 할까요?
해당 병원이나 약국에서 진료비 납입확인서를 직접 발급받아 회사에 제출하면 됩니다.
서류 이름은 연말정산용 진료비납입확인서 또는 의료비지급명세서입니다. 발급받은 서류는 회사 연말정산 담당자에게 제출하거나, 홈택스를 통해 직접 추가할 수 있습니다.
✅ 시력 보정용 안경이나 콘택트렌즈를 현금으로 구입한 경우
✅ 보청기, 휠체어 같은 장애인 보장구 비용
✅ 안경원에서 구입한 시력교정용 안경 영수증
이런 항목들은 자동으로 조회되지 않으므로 반드시 영수증을 따로 챙겨야 합니다.
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4. 공제 조건 확인
병원비를 모두 찾았다고 해서 전액 공제되는 건 아닙니다.
의료비 세액공제는 총급여의 3%를 초과한 금액부터 적용됩니다. 예를 들어 총급여가 5천만 원이라면 150만 원을 넘는 의료비만 공제 대상입니다.
공제율은 기본 15%이지만, 난임시술비는 30%, 미숙아와 선천성 이상아 의료비는 20%입니다.
본인과 65세 이상 부모님, 장애인, 건강보험 산정특례자의 의료비는 한도 없이 15% 공제받을 수 있습니다.
✅ 2026년 연말정산부터 6세 이하 자녀 의료비도 한도 없이 전액 공제 가능합니다.
일반 부양가족의 경우 연간 700만 원 한도가 적용됩니다. 총급여 7천만 원 이하 근로자가 산후조리원에 지출한 비용은 출산 1회당 200만 원까지 공제됩니다.
5. 공제 제외 항목
모든 병원비가 공제되는 건 아닙니다.
실손보험이나 건강보험공단으로부터 본인부담금 상한제로 환급받은 금액은 의료비에서 차감해야 합니다.
미용 목적의 성형수술, 건강증진을 위한 비타민이나 영양제, 간병인에게 지급한 비용, 외국 병원 진료비는 공제 대상이 아닙니다.
선글라스는 공제되지 않지만 시력 보정용 안경은 1인당 50만 원까지 공제됩니다.
산후조리원 비용은 출산 1회당 200만 원 한도 내에서 공제 가능합니다.
6. 부양가족 의료비
부양가족의 의료비도 본인이 공제받을 수 있습니다.
의료비는 나이나 소득 제한 없이 생계를 같이하는 부양가족을 위해 지출했다면 공제됩니다. 부모님이 60세 미만이거나 소득이 있어도 실제 의료비를 부담했다면 공제 가능합니다.
맞벌이 부부라면 자녀 기본공제를 받은 배우자가 자녀 의료비도 공제받아야 합니다.
성인 자녀의 의료비는 연말정산 간소화에서 정보 제공 동의를 받아야 조회됩니다.
형제자매와 같이 살면서 생계를 함께한다면 형제자매의 나이와 소득에 관계없이 의료비 공제가 가능합니다.
7. 신용카드 중복공제
병원비를 신용카드로 결제했다면 어떻게 될까요?
의료비 세액공제와 신용카드 소득공제는 중복 적용이 가능합니다. 카드로 낸 병원비는 의료비 세액공제 15%와 신용카드 소득공제를 모두 받을 수 있습니다.
단, 의료비는 총급여 3% 초과분만, 신용카드는 총급여 25% 초과분만 공제되므로 조건을 확인해야 합니다.
가족 명의 카드로 결제한 경우 자동 반영되지 않을 수 있으니 간소화 자료를 꼼꼼히 확인해야 합니다.
8. 경정청구로 환급
연말정산을 마친 후에 누락된 병원비를 발견했다면 절망하지 마세요.
5년 이내라면 경정청구를 통해 환급받을 수 있습니다. 홈택스에 접속해 종합소득세 메뉴에서 경정청구를 신청하면 됩니다.
필요한 서류는 누락된 의료비 영수증과 소득세액공제신고서입니다.
경정청구 후 국세청 심사를 거쳐 환급금이 입금되기까지는 보통 2~3개월 정도 소요됩니다.
회사에 수정 신고를 요청하는 방법도 있지만, 회사 연말정산 마감 전에만 가능하므로 시기를 놓쳤다면 경정청구가 더 확실합니다.
9. 주의사항
병원비 누락을 막기 위해 몇 가지 체크해야 할 사항이 있습니다.
✅ 간소화 자료는 2026년 1월 20일 이후 최종 확정되므로 그 전에 조회하면 일부 누락될 수 있습니다.
✅ 동네 의원이나 재가 장기요양시설은 자료 제출률이 낮으니 미리 영수증을 챙겨두는 게 좋습니다.
✅ 의료비 영수증은 최소 5년간 보관해야 나중에 경정청구할 때 증빙으로 사용할 수 있습니다.
홈택스 접속이 집중되는 2026년 1월 15일부터 20일까지는 대기 시간이 길어질 수 있으니 1월 21일 이후 이용하는 게 편리합니다.
본인이 직접 부담하지 않고 회사나 국가에서 지원받은 의료비는 공제 대상이 아닙니다.
2025년에 의료비를 지출하고 2026년에 실손의료보험금을 받았다면, 해당 보험금은 2025년 의료비에서 차감하여 수정신고해야 합니다.
| 공제율 | 일반 15%, 난임 30%, 미숙아 20% |
| 공제 조건 | 총급여의 3% 초과 지출분 |
| 한도 | 일반 부양가족 700만 원, 본인/65세 이상/장애인/6세 이하 한도 없음 |
| 경정청구 | 5년 이내 가능 |
| 2026년 변경사항 | 6세 이하 부양가족 의료비 한도 폐지 (전액 공제) |
2026년 연말정산에서 병원비 누락은 생각보다 자주 발생하는 일입니다. 1월 15일부터 17일까지 의료비 신고센터를 활용하고, 영수증을 직접 챙기는 것만으로도 수십만 원의 세금을 돌려받을 수 있습니다.